El conjunto de artículos que contiene una wiki se puede estructurar mediante el uso de categorías.

Las categorías son similares a los directorios (carpetas) en un ordenador personal. Cada categoría puede contener una serie de artículos, y también una serie de subcategorías, de tal modo que el contenido se estructura jerárquicamente en forma de un árbol de categorías, cuyas hojas son los artículos.

Pero mientras que en un ordenador personal un determinado documento sólo puede estar en el interior de una carpeta, un artículo de mediaWiki se puede catalogar en más de una categoría. Esto proporciona mucha más flexibilidad a la hora de estructurar el contenido de un sitio wiki.

Para asignar una categoría a un artículo, se edita el artículo y se inserta (normalmente al final, aunque puede ser en cualquier parte del cuerpo del artículo) la especificación de la categoría a la que pertenece, utilizando la sintaxis adecuada. por ejemplo:

[[Category:Historia]]

la línea de arriba indica que el artículo en el que se encuentra pertenece a la categoría "Historia"

Una categoría funciona como una especie de artículo "índice" que contiene una relación de artículos pertenecientes a la misma, y puede ser editada para añadir, por ejemplo, la especificación de la(s) categoría(s) de que depende.

Se puede acceder a la relación de todas las categorías existentes en un sitio wiki mediante la página "Especial:Categories"